Кстати, вот нашел в интернете следующую инфу:
При вылете из пунктов Таможенного союза (РФ, Беларусь, Казахстан) в пункты ближнего и дальнего зарубежья Вы можете зарегистрироваться на рейс и оформить багаж сразу до конечного пункта назначения, при условии отсутствия в багаже товаров, подлежащих письменному декларированию. Таким образом, по прилету Вам не потребуется дополнительно регистрироваться на стыковочный рейс, получать и повторно сдавать багаж для переоформления. Багаж принимается к таможенному оформлению и доставляется к самолету без участия пассажира при условии отсутствия в багаже товаров, подлежащих таможенному декларированию в письменной форме в соответствии с таможенным законодательством Таможенного союза и законодательством Российской Федерации.
Если Вы путешествуете из пунктов ближнего и дальнего зарубежья в пункт Таможенного союза, Вам необходимо получить (независимо от того, зарегистрирован багаж до конечного пункта или только до Москвы) Ваш багаж в аэропорту Шереметьево и пройти таможенный контроль. Затем Вам необходимо сдать Ваш багаж на стойке регистрации. Имеются исключения. Спрашивайте в аэропорту вылета.
Из этого понял, что когда вылетаешь из стран ТС, то повторно границу проходить не надо. А когда прилетаешь в страны ТС, получать багаж и проходить границу нужно, даже если летишь транзитом