Принципиальна ли эта разница в 0.1 кв2?
Нет, не "принципиальна". Но даже если нотариус оформит свидетельство о наследовании, то Департамент юстиции откажет в регистрации в праве собственности (проще говоря документы просто вернут).
Может пойти к другому нотариусу?
Тут нотариус не при делах. См. пункт выше почему.
Топайте говорит, либо меняйте ТП в ЦОНе, либо в центре недвижимости ДП.
Правильно говорит.