РНК SARS-CoV-2 подвергается обратной транскрипции и интегрируется в геном человека
Whitehead Institute for Biomedical Research, Cambridge, MA, USA
John A. Paulson School of Engineering and Applied Sciences, Harvard University, Cambridge, 7 MA, USA
Wyss Institute for Biologically Inspired Engineering, Harvard University, Cambridge, MA, 9 USA
Department of Biology, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA, USA.
https://www.biorxiv....2516v1.full.pdf
обнаружены химерные транскрипты, состоящие из вирусных слитых с клеточными последовательностями, в опубликованных наборах данных культивированных клеток, инфицированных SARS-CoV-2, и первичных клеток пациентов, что согласуется с транскрипцией вирусных последовательностей, интегрированных в геном. Чтобы экспериментально подтвердить возможность ретроинтеграции вируса, приведены доказательства того, что РНК SARS-CoV-2 могут подвергаться обратной транскрипции в клетках человека, с помощью обратной транскриптазы /ОТ/, из элементов LINE-1 или ОТ ВИЧ-1, и что эти ДНК последовательности могут быть интегрированы в геном клетки, и впоследствии транскрибированы. Эндогенная экспрессия LINE-1 человека индуцировалась при инфицировании SARS-CoV-2 или воздействием цитокинов в культивируемых клетках, что указывает на молекулярный механизм ретроинтеграции SARS-CoV-2 у пациентов
продемонстрирвано, что:
1/ Сегменты вирусной РНК SARS-CoV-2 могут интегрироваться в геномную ДНК человека.
2/ Эта недавно приобретенная вирусная последовательность не молчит, что означает, что эти генетически модифицированные области геномной ДНК являются транскрипционно активными /ДНК преобразуется обратно в РНК/.
3/ Сегменты вирусной РНК SARS-CoV-2, ретроинтегрированные в геномную ДНК человека в культуре клеток. Эта ретроинтеграция в геномную ДНК пациентов с COVID-19 также косвенно подразумевается из обнаружения транскриптов химерной РНК в клетках, полученных от пациентов с COVID-19. Хотя их данные RNAseq предполагают, что у пациентов с COVID-19 происходят изменения генома, чтобы окончательно доказать эту точку зрения, следует провести ПЦР, секвенирование ДНК или Саузерн-блоттинг на очищенной геномной ДНК пациентов с COVID-19, чтобы окончательно доказать эту точку зрения. Это пробел, который необходимо устранить в ходе исследования. Однако данные in vitro по линиям клеток человека герметичны.
4/ Эта вирусная ретроинтеграция РНК в ДНК может быть индуцирована эндогенными ретротранспозонами LINE-1, которые продуцируют активную обратную транскриптазу /ОТ/, которая превращает РНК в ДНК. /У всех людей есть несколько копий ретротранспозонов LINE-1, находящихся в их геноме/. Частота ретроинтеграции вирусной РНК в ДНК положительно коррелирует с уровнями экспрессии LINE-1 в клетке.
5/ Эти ретротранспозоны LINE-1 могут активироваться вирусной инфекцией SARS-CoV-2 или воздействием цитокинов на клетки, и это увеличивает вероятность ретроинтеграции.
Эта новая особенность инфекции SARS-CoV-2 может объяснить, почему пациенты могут продолжать вырабатывать вирусную РНК после выздоровления, и предполагает новый аспект репликации РНК-вируса