Агентства, по моему, не отправляют документы в Чешское посольство в Астану, по крайней мере в том году, многие агентства мне отказали, поэтому поехала через Германию.
Агентство должно быть аккредитовано для этого вида деятельности. Или еще вариант - выступать посредником между вами, и компанией, аккредитованной у чехов. Тогда, по-идее, они визу оформляют. Если вышеуказанное условие не соблюдено - то чехи с такими агентствами просто не работают.