А с чего вы решили, что на таможне попросят ваше свидетельство о браке?! Вы вообще никому из пограничных сотрудников ничего кроме паспорта не должны показывать. Это не их ума дело, кем вы приходитесь друг друг.
Так документы то надо в течении месяца поменять(по закону), значит по идее РАГС передает инфу ЦОНу и по базе фамилия в паспорте будет уже другая. На таможне паспорт по базе пробивают. Вот и могут вылезти несоответствия... Хотя может у нас это делается "левой пяткой" и переживать вообще не стоит.