после чего, с вероятностью в 90+% меня посадят в самолет.
Увы, скорее всего нет. Мухи отдельно - котлеты отдельно. У пограничников к вам может не быть претензий, а у ЭА - могут быть, причем с точки зрения НПА - их претензии законны и ЭА глубоко наплевать на мнение пограничников по этому поводу.
И, по большому счету, ЭА в этом, как вы выражаетесь, идиотизме, не одинока. Например, моя коллега в Италии была в чем то схожей ситуации, когда на регистрации ей тупо отказывали в перевозке, потому что к ней (а точнее - к ее визе) были претензии у авиакомпании. Причем у пограничников и миграционной службы претензий к ней не было. И когда я к ним пришел и объяснил ситуацию, они развели руками и сказали: да, вы правы, но у авиакомпании свои правила и мы не имеем права вмешиваться.
Или в Бангкоке, на регистрации (вроде Bangkok Airways, давно это было) когда при мне отказали в регистрации пассажирке, которая не смогла предъявить платежную карту, которой оплачивала покупку билета на сайте. Вот так тупо - извините, таковы правила, вы никуда не летите. И не полетела