Раз вы подавали заявление на упрощенку и оно в у вас есть с подписью и печатью налоговой, то это хорошо.
Если даже у вас на руках нет решения о предоставлении разрешения на применение упрощенки, то пусть предоставят вам отказ, на основании чего они вам не дали это разрешение, а перевели на общеустановленный режим.
Ничего они задним числом не решат, стойте на своем и ничего дополнительно не сдавайте про патент и общеустановленный режим. Пусть докажут, что вы не имели право быть на
упрощенке, это они хотят исправить свои ошибки вашими руками.
Про письмо в минфин, это их излюбленный ответ, чтобы не отвечать за свои косяки.
Если что непонятно, пишите...отвечу.