Тут так можно сказать две стороны одной медали. да CMS удобны в плане быстрой разработки сайтов и подключение к ним написанных модулей. Но если нужно будет доработать какой то функционал, например личный кабинет под ваши требования, то здесь возникают проблемы. Нужно досконально изучать каждую CMS, что бы можно было гибко разрабатывать свои модули. Тем более самописные сайты, лучше индексируются, что влияют на позиции топ в поисковых систем.
своей цмс Вы фактически привязываете клиента к себе, на известных цмс практически все функционалы уже написаны и многие в свободном доступе, у Вас же разработка чего-то нового обойдется скорее всего в кругленькую сумму . А на счет индексации самописных сайтов - спорный вопрос.