denmak

Использовать почтовые протокола - не безопасно(вся защита - логин и пароль). Кроме того, если делать отправку почтой, придется шифровать сообщение отдельно, чтоб, на почтовом сервере не дай бог не лежало сообщение доступное к прочтению...
Имхо, в таких проектах допустим только асинхронный алгоритм работы, думаю наилучший вариант - открытый протокол (именно собственный протокол и ни как иначе) на базе soap via https (естественно с минимальной первичной логикой на стороне веб сервера) строго говоря всякие RMI/DCOM/COBRA и тому подобная ботва пригодна на уровне предприятия, но не в масштабах государства... (ну либо железо как у НАСА надо). Примерно, то как реализован открытый интерфейс можно глянуть тут http://www.govtalk.gov.uk/ В британии электронное правительство развернуто так, как нам и не снилось.
для Zulkar: сам по себе SOAP - можно рассматривать в качестве транспорта, но не как не язык для описания бизнес-данных. при стандартизации протокола обмена сообщениями с НК в любом случае основной проблемой встанет именно стандартизация бизнес части, т.е. непосредственно форматы форм, вот их открыть, да потом еще поддерживать версионность (в связи с нашим "гибким" законодательством) будет оччень сложно.
Конкретно про клиента вообще молчу... считаю что в первую очередь важен протокол, а клиенты должны быть коммерческими (ну хотя в силу нашего законодательства бесплатный клиент всеже должен быть, но он может быть уныл, как бесплатные дороги рядом с автобаном...)