После завоевания османами Константинополя, 30 мая 1453 года, султан Мехмед Второй вошел в двери храма Святой Софии и провозгласил его мечетью Айя-Софья. И тогда то к зданию были пристроены четыре минарета. Наверное, этот султан был мудрым правителем, ведь он просто мог приказать стереть собор с лица земли.
В храме алтарь был обращен на восток, по канонам христианства. Архитекторам султана пришлось хорошо потрудиться, чтобы перенести михраб в юго-восточный угол здания. По канонам мусульманства, он должен быть обращен к Мекке.
Византийские фрески были тщательно заштукатурены. Благодаря этому они и сохранились до наших дней.
А вообще фрески в храме делятся на три периода – 9, 10 и 11 век.
Собор практически не реставрировали до середины 19 века. Лишь, для укрепления стен пристроили к ним контрфорсы. Это такие вертикальные опоры. Контрфорсы и минареты сильно изменили византийский вид Собора Святой Софии.